Cíle projektu na výzkum vztahů mezi šelmami a jejich kořistí, tj. mezi rysem, srncem a jelenem byl rozdělen na pět následujících podoblastí.

I. Význam rysa pro dynamiku srnčí a jelení populace

V národních parcích je zjiš'tována početnost populací a rovněž informace o reprodukci a mortalitě u rysa, srnce a jelena. Na základě těchto údajů je možné navíc stanovit příčiny úhynu. Z těchto základních dat bude je odvozován význam rysa pro populační dynamiku srnce a jelena.

II. Velikost území, které využívá rys, srnec a jelen

S ohledem na různé faktory budou provedeny analýzy akčního rádiusu a typů prostředí, aby bylo možno odvodit vliv zkoumaných populací na využívání prostoru. Mezi jinými by měly být zkoumány faktory jako např. rozmístění potravy, sněhová pokrývka, turistická infrastruktura, regulace divoké zvěře.

III. Spektrum kořisti rysa

Pro zpracování této otázky jsou analyzovány nalezené rysem stržené kusy, frekvence lovu, jakož i rysí trus. Cílem je dozvědět se co nejvíce o složení potravy predátora a objasnit, zda si vybírá kořist podle druhu zvěře, jeho stáří, pohlaví nebo zdravotní kondice.

IV. Vliv rysa na chování kořisti

Chování rysa, srnce a jelena je podrobeno zkoumání na základě následujích parametrů: akční rádius, čas, rytmus aktivity a využívání životního prostoru. Srovnáním starších telemetrických dat z doby, kdy se rys ještě v území nevyskytoval a nově získaných informací je zjiš'továno, jestli došlo ke změnám v chování kořistních zvířat. Dále je testováno, zda přítomnost rysa v území rysem strženého kusu má nějakou odezvu na chování zvířat, která mu slouží za kořist.

V. Vzájemné ovlivňování mezi srncem, jelenem a lesní vegetací

Pro tento okruh otázek je nejprve důležité zjistit složení potravy srnce a jelena na základě rozboru jejich trusu. Z dat získaných analýzou lesních inventur, z ploch s dlouhodobým sledováním a posuzováním vegetace má být určen výběr rostlin pro potravu, rozmístění okusu na úrovni krajinných celků a jednotlivých porostů jakož i vliv okusu na celkový vývoj lesa. Dále by mělo být zjištěno, kolik srnčí a jelení zvěře má potenciálně prostor k životu na území  národních parků Šumava a Bavorský les a jestli má velkoplošné narušení, jako vývraty nebo kůrovcová kalamita, vliv na jejich současný vývoj populace.