Die Tierwelt der Nationalparke umfasst das typische Artenspektrum mitteleuropäischer Bergwälder. Hier leben Rothirsche, Rehe, Wildschweine, Füchse, Dachse, Marder und auch Fischotter, über 50 Waldvogelarten, darunter sehr seltene wie Auerhuhn, Haselhuhn, Schwarzspecht, Weißrückenspecht, Dreizehenspecht, Raufußkauz, Sperlingskauz und Hohltaube, sowie zahlreiche, auch seltene Insektenarten, insbesondere auf Totholz lebende Käfer.

Von den ehemals drei heimischen Großräuberarten Bär, Wolf und Luchs, ist nur der Luchs auf natürlichem Wege in den Bayerischen Wald und nach Šumava zurückgekehrt während Bär und Wolf weiterhin fehlen. Ebenfalls wieder heimisch geworden sind Wanderfalken und Schwarzstörche.

Besonders interessant für uns ist die Rückkehr des Luchses in ein Gebiet, das einige Zeit lang frei von Großräubern war, und die Frage, wie er sich hier in den Nationalparken verhält. Auch interessiert uns, wie seine Beutetiere Reh und Rothirsch auf den Luchs reagieren bzw. wie sie von ihm beeinflusst werden.